ปล่อยให้ข้าวและวัตถุดิบที่ปรุงสุกแล้วเย็นลงจนถึงอุณหภูมิห้องก่อนที่จะบรรจุลงในกล่อง เพราะการปิดผนึกอาหารที่ยังอุ่นอยู่ในภาชนะปิดจะกักไอน้ำไว้ซึ่งจะกลายเป็นหยดน้ำและทำให้ทุกอย่างเปียกแฉะเมื่อถึงเวลาอาหารกลางวัน บรรจุอาหารให้แน่นชิดกับผนังกล่องและชิดกันเองโดยเหลือพื้นที่ว่างน้อย เพราะอาหารที่บรรจุหลวมๆ จะเลื่อนไปมาระหว่างการขนส่งและทำให้การจัดวางที่เรียบร้อยกลายเป็นความยุ่งเหยิง แยกวัตถุดิบเปียก เช่น ซอสหรือผักที่ปรุงรส ออกจากวัตถุดิบแห้งโดยใช้ตัวแบ่งเล็กๆ หรือถ้วยซิลิโคน เพราะของเหลวที่สัมผัสข้าวหรือแครกเกอร์เป็นเวลาหลายชั่วโมงจะทำให้มันเละและไม่น่ากิน ใช้เฉพาะวัตถุดิบที่ปรุงสุกเต็มที่และสะเด็ดน้ำดีแล้วเท่านั้น หากเบนโตะจะวางไว้โดยไม่แช่เย็นนานกว่าหนึ่งหรือสองชั่วโมง เพราะอาหารดิบหรือปรุงไม่สุกที่วางไว้ที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลานานเป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของโรคที่เกิดจากอาหาร เพิ่มวัตถุดิบต้านแบคทีเรีย เช่น ลูกบ๊วยอูเมโบชิเล็กๆ วางไว้บนข้าวหรือน้ำส้มสายชูเล็กน้อยในข้าวเอง เพราะสิ่งที่เติมแบบดั้งเดิมเหล่านี้ช่วยชะลอการเติบโตของแบคทีเรียในมื้อกลางวันที่จะไม่ถูกแช่เย็นจนกว่าจะรับประทานได้จริง สร้างสมดุลให้กับสีสันและหมวดหมู่อาหารทั่วทั้งกล่อง โดยมุ่งเป้าไปที่ฐานเป็นข้าวหรือธัญพืช โปรตีนหนึ่งอย่าง และผักอย่างน้อยสองชนิด เพราะเบนโตะที่มีเพียงหนึ่งหรือสองสีมักบ่งบอกถึงมื้ออาหารที่ไม่สมดุลทางโภชนาการแม้กระทั่งก่อนที่คุณจะตรวจสอบวัตถุดิบ