ตรวจสอบความชื้นของดินทุกวันโดยกดนิ้วลงในชั้นบนสุดแทนที่จะรดน้ำตามตารางเวลาที่ตายตัว เพราะกระถางที่ตื้นของบอนไซจะแห้งเร็วกว่าพืชกระถางทั่วไปมาก และการรดน้ำน้อยเกินไปหรือมากเกินไปสามารถฆ่าต้นไม้ได้ภายในไม่กี่วัน รดน้ำให้ทั่วถึงจนกว่าน้ำจะไหลออกจากรูด้านล่างกระถางแทนที่จะแค่พรมเบาๆ เพราะการรดน้ำแบบตื้นจะทำให้ชั้นดินบนสุดเปียกเท่านั้น และปล่อยให้รากที่ลึกกว่ายังคงแห้งแม้ว่าผิวดินจะดูชื้นก็ตาม ตัดแต่งและพันลวดกิ่งเฉพาะในช่วงฤดูกาลที่เหมาะสมของต้นไม้เท่านั้น เพราะการตัดหรือดัดในช่วงเวลาที่ผิดของปีอาจทำให้ต้นไม้ที่กำลังเติบโตอย่างแข็งขันเกิดอาการช็อกหรือทำลายเปลือกไม้ที่เปราะบางในช่วงพักตัว ถอดลวดออกก่อนที่มันจะบาดเข้าไปในเปลือกไม้เมื่อกิ่งหนาขึ้น เพราะลวดที่ปล่อยทิ้งไว้นานเกินไปจะทิ้งรอยแผลถาวรที่อาจใช้เวลาหลายปีกว่าจะหายไป เปลี่ยนกระถางตามรอบที่เหมาะสมกับสายพันธุ์ โดยทั่วไปทุกหนึ่งถึงห้าปีขึ้นอยู่กับต้นไม้ แทนที่จะปล่อยให้อยู่ในดินเดิมอย่างไม่มีกำหนด เพราะดินเก่าที่อัดแน่นในที่สุดจะหยุดระบายน้ำอย่างเหมาะสมและค่อยๆ ทำให้รากขาดอากาศ คำนึงถึงความต้องการแสงและอุณหภูมิเฉพาะของแต่ละสายพันธุ์แทนที่จะปฏิบัติต่อบอนไซทุกต้นเหมือนกัน เพราะบางสายพันธุ์ต้องผ่านฤดูหนาวกลางแจ้งเพื่อความอยู่รอดในระยะยาว ในขณะที่บางสายพันธุ์ต้องอยู่ในร่มตลอดทั้งปี