निश्चित समय पर पानी देने के बजाय ऊपरी परत में उंगली दबाकर रोज़ाना मिट्टी की नमी जांचें, क्योंकि बोनसाई का उथला गमला सामान्य गमले वाले पौधे की तुलना में कहीं अधिक तेज़ी से सूखता है, और कम या अधिक पानी दोनों ही पेड़ को कुछ दिनों में मार सकते हैं। हल्का छींटा देने के बजाय अच्छी तरह पानी दें जब तक कि यह गमले के तली के छिद्रों से बाहर न निकल जाए, क्योंकि उथला पानी देना केवल मिट्टी की ऊपरी परत को गीला करता है और गहरी जड़ों को सूखा छोड़ देता है भले ही सतह नम दिखे। शाखाओं को केवल पेड़ के उपयुक्त मौसम में ही काटें और तार लगाएं, क्योंकि साल के गलत समय पर काटना या मोड़ना सक्रिय रूप से बढ़ रहे पेड़ को झटका दे सकता है या निष्क्रियता के दौरान भंगुर छाल को नुकसान पहुंचा सकता है। शाखा के मोटे होने पर छाल में कटने से पहले तार को हटा दें, क्योंकि बहुत लंबे समय तक छोड़ा गया तार स्थायी निशान छोड़ देता है जिन्हें बढ़ने में वर्षों लग सकते हैं। इसे हमेशा के लिए उसी मिट्टी में छोड़ने के बजाय, प्रजाति के अनुकूल चक्र पर, आम तौर पर पेड़ के आधार पर हर एक से पांच साल में, दोबारा गमले में लगाएं, क्योंकि पुरानी, संकुचित मिट्टी अंततः ठीक से जल निकासी करना बंद कर देती है और धीरे-धीरे जड़ों का दम घोंट देती है। सभी बोनसाई को एक जैसा मानने के बजाय प्रजाति की विशिष्ट प्रकाश और तापमान आवश्यकताओं को ध्यान में रखें, क्योंकि कुछ प्रजातियों को लंबे समय तक जीवित रहने के लिए बाहरी सर्दी का अनुभव करने की आवश्यकता होती है जबकि अन्य को साल भर घर के अंदर रहना चाहिए।